人工毛植毛は、人工毛を植え込んだ部分から細菌が侵入しやすく、炎症をおこして頭皮がデコボコになってしまったなどの後遺症の報告も少なくありません。また頭皮だけでなく頭蓋骨までも悪影響が及ぶことあることも知られており、まだ多くの医学的問題を抱えている術式であるといえます。
アメリカでは過去に人工毛植毛でのトラブルが多発したために、現在では全面的に禁止となっています。
その一方、最近では、ニドー社の開発した感染のリスクを少なくするアテロコラーゲンを表面結合した人工毛など、劣化や細菌感染を抑える加工がされている人工毛が使用されるようになり、切れたり、皮膚が化膿したりするトラブルが以前よりは少なくなってきているともいわれています。
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